除了產地之外，咖啡豆栽植的方法（是否蔭下栽種、有機栽培、施肥），以及咖啡豆的採摘過程（農場工人的工作條件是否能讓他們有良好工作品質）也都影響了咖啡的味道。好的咖啡樹也有可能產出不好的豆子。

咖啡豆採收後的處理過程也很重要，常見的有日曬、水洗、蜜處理等三種後製處理方式。日曬的咖啡豆果香豐富、餘味甜、醇度高。水洗的咖啡豆帶有果香或花香、酸度適中、醇度較低。蜜處理的咖啡豆餘味則更甜、水果香細膩、醇度高。

目前國際有一些依咖啡豆大小顆粒、後製處理好壞、種植海拔標高的各種分級方式，也可以藉此判斷咖啡豆的品質高低。另外，有些咖啡包裝上會有公平貿易、永續經營、有機栽培、高海拔等證明標籤，有這些標籤的咖啡豆品質大部份都不差。雖然有些證明可能跟品質沒有直接關係，但表示這些咖啡豆是經過仔細處理的。